Дисбактерио́з (сходное понятие — дисбио́з) (от др.-греч. δυσ- — приставка, означающая нарушение чего-то + «бактерии» + окончание -оз (невоспалительное заболевание, связанное с количественными/качественными изменениями) или «дис-» + «биоз» («жизнь» с греческого, биом (в плане нормально сложившейся микрофлоры), биоценоз + -оз)) представляет собой состояние микробного дисбаланса на теле или внутри него. При этом сам по себе дисбактериоз не является болезнью, но может являться следствием какой-либо болезни или иного вмешательства (например, болезней органов пищеварения, иммунодефицитных состояний, болезней обмена веществ, лекарственных воздействий, кишечных инфекций, наличия гельминтов, стресса, нездорового образа жизни и т. д.). В свою очередь, дисбактериоз может способствовать развитию других заболеваний в силу снижения защитных и других функций нормальной микрофлоры.

В русскоязычной литературе чаще всего употребляется исторически сложившееся название «дисбактериоз», хотя правильней было бы «дисбиоз», так как в составе нормальной микрофлоры человека и животных есть не только бактерии. Дисбактериоз может быть представлен:

• общим снижением количества микроорганизмов (в лабораторных условиях вплоть до гнотобиоза (гнотобиоты));
• общим увеличением количества микроорганизмов;
• изменением нормального количественного соотношения микроорганизмов с угнетением одних и ростом других, в том числе патогенных (в лабораторных условиях вплоть до получения гно­то­био­то­фо­ров), при этом общее количество может быть как в пределах нормального, так быть уменьшенным или увеличенным;
• перемещением тех или иных микроорганизмов в несвойственные им места обитания.

В России под дисбактериозом обычно понимают дисбактериоз кишечника, определённый в приказе Минздрава 2003 года как «клинико-лабораторный синдром, связанный с изменением качественного и/или количественного состава микрофлоры кишечника».

Понятие «дисбактериоз» подвергается критике. Многие врачи, особенно за рубежом, не применяют термин «дисбактериоз кишечника», указывая вместо него конкретные клинические ситуации, связанные с нарушениями кишечной микрофлоры (синдром избыточного бактериального роста, антибиотик-ассоциированная диарея и т. п.).

В РФ при лечении пациентов с диагнозом «дисбактериоз кишечника» часто назначаются пробиотики и энтеросорбенты. Однако врачи, придерживающиеся принципов доказательной медицины, сходятся во мнении, что при лечении микробного дисбаланса кишечника пробиотики неэффективны. Пробиотические микроорганизмы, поступающие в кишечник извне в составе препаратов-пробиотиков, неизбежно отторгаются постоянно присутствующей в кишечнике микрофлорой.